En 2000, la DCE instaure l’obligation de protéger et restaurer la qualité des eaux et des milieux aquatiques dans l’ensemble de l’Union européenne.
Elle fixe comme objectif de rétablir – ou de maintenir lorsque c’est déjà le cas – le bon état de toutes les eaux de l’Union européenne, c’est-à-dire des cours d’eau, des plans d’eau, des eaux littorales et des eaux souterraines. Les objectifs de bon état des masses d’eau sont complétés par des objectifs plus globaux portant sur :
- La réduction progressive de la pollution due aux substances prioritaires et l’arrêt ou la suppression des émissions, rejets et pertes de substances dangereuses prioritaires ;
- Le respect des objectifs des zones protégées au titre de la législation communautaire (zones vulnérables, zones sensibles, zones Natura 2000, zones conchylicoles, zones de baignade, etc.).